(1)煤煙病。吳茱萸樹受蚜蟲、長絨棉蚧為害后，在被害處及其下部葉片、嫩梢和樹干上，會誘發不規則的黑褐色煤狀斑，受害處似覆蓋一層煤狀物。嚴重發病的植株，樹勢減弱，開花結果少。于5上旬至6月中旬為害嚴重。
防治方法：在蚜蟲和蚧類害蟲發生期可噴灑40%樂果1500～2000倍液或25%亞硫磷800～1000倍液，每隔7天噴1次，連噴2～3次;煤煙病發生期可噴1：0.5：150～200波爾多液，每10天左右噴一次，連噴2～3次。
(2)銹病。發病初期，葉片上出現黃綠色，近圓形的不明顯小點，然后病葉背面有橙黃色微突起的小瘡斑(為病原菌的夏孢子)，隨著葉片上病斑的增多，導致葉片枯死。5月中旬發生，6～7月為害嚴重。
防治方法：發病期噴0.2～0.3波美度石流合劑或25%粉銹寧1000倍液，每隔7～10天噴一次，連噴2～3次。
(3)褐天牛。又名蛀桿蟲。幼蟲從樹桿蛀入，蛀食木質部，形成不規則彎曲孔道，內部充滿蛀屑及糞便，每隔一定距離開通氣排泄孔，把蛀屑及糞便排出孔外，以7～10月為害嚴重。
防治方法：5～7月成蟲盛發期，可行人工捕殺，在產卵裂口處，用小刀刮取卵粒及初孵幼蟲;幼蟲蛀入水質部后，樹干上有新蛀孔，可用藥棉浸80%敵欣畏原液塞入孔內或800倍液灌注，并用泥封孔，幼蟲窒息而死;可試用天牛腫腿蜂防治。
(4)桔鳳蝶。幼蟲咬食幼芽、嫩葉成缺刻或孔洞，三齡后食量大增，能將幼枝上的葉片食光。一年繁殖3～4代。以蛹附在樹枝及其它附著物上越冬，翌年3月開始發生，5～7用為害嚴重。成蟲白天活動，交尾后卵產在嫩葉上，孵化后，幼蟲食嫩葉為害。
防治方法：低齡幼蟲，可噴90%放百蟲800倍液，每隔5～7天噴1次，連續噴2次，或用Bt乳劑300倍液，每隔10天噴1次，連續噴2～3次。
